依據雲林縣政府擬定國土計畫申請書與《國土計畫法》指導，本計畫目標為健全整體土地利用，發揮地方自治精神，其次目標具體說明如下列：
一、 發揮地方自治精神，落實以計畫引導雲林縣之空間發展；並且擴大民間參與並凝聚由下而上之公民意識，形成計畫總體規劃願景與目標。
二、 有效利用本縣整體土地並妥善分配地區資源，透過都市及非都市土地整體檢討與分析，研擬全縣整體性之空間發展計畫，強化未來適宜開發地區與環境敏感地區之管理，建構朝向永續之空間發展結構與城鄉發展模式。
三、 透過雲林縣國土計畫做為跨部門協調平臺之功能，促使空間規劃部門與一般部門計畫內容之整合並建立實施機制，減少相關公共建設資源重複或誤置。
四、 配合國土計畫法之立法，融入立法精神，並同時以現行之法定計畫為依據，進行規劃內容之研擬與相關作業統整，以利本縣國土計畫法之有效接軌。